ในปี 2546 คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เริ่มโครงการสถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช ตั้งเป็นโครงการพัฒนาศิริราชสู่การเป็นสถาบันการแพทย์ชั้นเลิศในระดับเอเชียอาคเนย์ โดยมีมติให้จัดตั้งโรงพยาบาลศิริราช ปิยมหาราชการุณย์ เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
ผู้พระราชทานกำเนิดคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระมหิตลาธิเบศรอดุลยเดชวิกรมพระบรมราชชนกและเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ที่ทรงมีพระมหากรุณาธิคุณต่อคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล

เพื่อให้เป็นศูนย์กลางการแพทย์ ที่ให้บริการดูแล รักษาและให้คำปรึกษาอย่างครบวงจร ด้วยมาตรฐานระดับสากล JCI (Joint Commission International) และเป็นต้นแบบสำหรับโรงพยาบาลรัฐในการบริหารจัดการที่เป็นเลิศ ด้วยรูปแบบวิธีการบริหารพิเศษเพื่อให้มีรายได้ที่เลี้ยงตัวเองอย่างยั่งยืน โดยเป้าหมายทางการสร้างรายได้นั้นมีขึ้นเพื่อเพิ่มผลประโยชน์ของสังคม นั่นคือการมอบรายได้คืนกลับคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เพื่อนำไปใช้ในการยกระดับคุณภาพชีวิต เพิ่มการเข้าถึงบริการทางการแพทย์และสาธารณสุข แก่ประชาชนทั่วไปของโรงพยาบาลศิริราช สนับสนุนการดำเนินงานของคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ยกระดับการแพทย์ไทยให้เป็นเลิศในระดับเอเชียอาคเนย์